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Musée du Ski et de la Tradition Rousselande LES ROUSSES
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Musée des Lapidaires LAMOURA
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Maison natale de Louis Pasteur DOLE
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Musée des Beaux-Arts DOLE
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Musée de la Boissellerie BOIS-D'AMONT
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Musée de L'Aventure Peugeot SOCHAUX
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Musée des Beaux-Arts LONS-LE-SAUNIER
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Musée du jouet MOIRANS-EN-MONTAGNE
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Musée de l'Espace des Mondes Polaires Paul-Émile Victor PREMANON
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Musée de la Lunette HAUTS DE BIENNE
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Musée de l'Abbaye / donations Guy Bardone - René Genis SAINT-CLAUDE
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Ecomusée Les Outils d'Autrefois ARINTHOD
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Apothicairerie de l'hôpital d'Arbois ARBOIS
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Apothicairerie de Poligny POLIGNY
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Apothicairerie de Salins-les-Bains SALINS-LES-BAINS
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Musée de la Tournerie LAVANS-LES-SAINT-CLAUDE
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Musée Relais du Cheval de Trait Comtois et de la Fôret LEVIER
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Musée Courbet ORNANS
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Musée départemental des Sapeurs-Pompiers GEX
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Musée paléoécologique de Cerin MARCHAMP
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Musée archéologique de Briord BRIORD
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Mini musée de la Fruitière d'Ordonnaz ORDONNAZ
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Isarnodurum - Musée archéologique IZERNORE
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Musée de la Résistance et de la Déportation de l'Ain NANTUA