Het dorp ontstond in de 9e eeuw als een dependance van de abdij van Murbach. Villars-le-Sec maakte tot 1698 deel uit van de parochie Saint Dizier l'Évêque en kwam toen onder de jurisdictie van het baljuwschap en de heerlijkheid Delle (familie Mazarin). In 1803 telde het dorp 140 inwoners. In 1829 werd een kerk gewijd aan de Geboorte van de Maagd gebouwd en werd het dorp een onafhankelijke parochie. In 1867 werd de klokkentoren gebouwd en de kerk uitgebreid.
Voor meer informatie Op het plateau van Ajoie