Het gebouw staat sinds 1913 op de monumentenlijst. Het is een niet te missen monument in de stad Arbois en het is ook de plek waar Louis Pasteur met zijn familie kwam bidden.
De kerk Saint Just, een onmisbaar monument in Arbois, is historisch gezien het religieuze centrum van de stad. In de middeleeuwen was het een versterkte priorij onder het gezag van een prior. Vanaf de 11e eeuw werd het een dependance van de benedictijnenabdij Saint-Claude in de Haut-Jura.
De kerk van Saint Just is dus een abdij- en parochiekerk. Het gebouw heeft in de loop der eeuwen een aantal wijzigingen ondergaan, met name de klokkentoren. In 1528 wilde aartshertogin Marguerite van Oostenrijk de hoogste toren van de Jura bouwen. Om dit te bereiken werd de plaats van de klokkentoren verplaatst. Volgens een studie van archeoloog Gustave Duhem stond de klokkentoren op het plein van het dwarsschip van de kerk. Hij was oorspronkelijk 20 meter hoger. Maar in 1651 liet de prior vuurwerk afsteken vanaf de top van de toren. Helaas brak er brand uit en stortte de toren gedeeltelijk in. Tegen de tijd dat hij in 1715 werd herbouwd, had de toren 20 meter verloren. Hij werd ook gebruikt als wachttoren voor de vestingwerken. De okerkleurige steen is kalksteen uit de steengroeve van Montesserin.
Binnen in de toren bevindt zich een klokkenkamer waar de Noémie-Eugénie hangt, een grote klok van 4,4 ton die in 1846 in Lons-le-Saunier werd gegoten. En twee andere klokken uit de gieterij Paccard in Annecy, waarvan de ene 1,6 ton weegt: Paule-Clothilde-Marie en de andere 800 kg weegt: Félicie-Valentine-Marie-Joséphine. Boven deze klokken bevindt zich een terras dat een 360° uitzicht biedt over de stad Arbois. De beiaard, waarvan 11 van de 20 klokken in 1738 werden gegoten, staat ook op de monumentenlijst.
Verschillende architecturale stijlen overlappen elkaar. Het middenschip is typisch voor de vrij sobere Bourgondische Romaanse stijl, met onversierde pilaren (geen kapitelen). De 13e eeuw markeerde een andere belangrijke fase in het bouwproces. Met name het plafond werd vervangen door stenen gewelven in plaats van houten frames. Deze verandering leidde tot het instorten van het koor, dat werd herbouwd. In de 14e eeuw werd ook een reeks kapellen gebouwd om als steunberen te dienen tegen de stuwkracht van de gewelven.
Binnenin stellen zowel 19e-eeuwse als hedendaagse gebrandschilderde ramen heiligen voor, het leven van Sint Just, het feest van Biou en het gebrandschilderde raam van de pelikaan, het embleem van de stad, dat vergezeld gaat van het motto van de stad: SIC HIS QUOS DILIGO (zo maak ik degenen die ik liefheb). Het gebrandschilderde raam in de apsis dateert uit de 19e eeuw.
Binnen de muren van deze kerk staat een prachtig beeldhouwwerk van de Maagd en het Kind uit 1380: de Maagd en het Kind met de Bloemstengel. Het is het werk van André Beauneveu, en dus geïnspireerd door Tournais. Het is gemaakt van kalksteen.
De preekstoel en orgelkast zijn gemaakt door de gebroeders Lamberthod, meubelmakers uit Arbois. Zij bouwden ook verschillende biechtstoelen in de kapellen. Al deze voorwerpen dateren uit de 18e eeuw. Het Carouge-orgel dateert ook uit de 18e eeuw. Elke zomer wordt er in Arbois een orgelconcertfestival gehouden.
De kerk Saint-Just is de locatie voor de religieuze ceremonie van het festival van Biou op de eerste zondag in september.